قارچها و باکتریهایی گوناگونی منجر به مرگ و میر گیاهچه ها در خزانه می شوند که نهایتا باعث به وجود آمدن خسارت های زیادی در خزانه های برنج می شوند.
عوامل بیماریزا به صورت کندی رشد گیاهچه، لکه برگی، سوختگی گیاهچه، پوسیدگی بذر، زردی گیاهچه، پوسیدگی ریشه، طویل شدن غیر عادی گیاهچه، کپک زدن بذر، پایه گیاهچه و سطح خاک خود را نشان می دهند و متعاقبا باعث از بین رفتن گیاهچه می شوند.
همچنین عواملی ﻣﺎﻧﻨﺪﺗﻐﯿﯿﺮات ﻧﺎگهانی درﺟﻪ ﺣﺮارت ﻣﺤﯿطی، ﺗﻨﺶﺳﺮﻣﺎ، گرﻣﺎ و ﺑﺎﻻ ﺑﻮدنPHﺧﺎک ﺑﺎﻋﺚ
ﻣﺮگ و ﻣﯿﺮ گیاهچه در ﺧﺰاﻧﻪﻫﺎ میﺑﺎﺷﻨﺪ. چه ﺑﺴﺎ در ﺳﺎﻟﻬﺎیی که ﺷﺮاﯾﻂ ﺟﻮی ﻣﻨﺎﺳﺐ اﺳﺖ گیاهچهﻫﺎ ﺑﻪ خوبی در ﺧﺰاﻧﻪ رﺷﺪ می کنند ولی در ﺷﺮاﯾﻂ ﻧﺎﻣﺴﺎﻋﺪ محیطی، ﺗﻌﺪادی ازگوﻧﻪﻫﺎیﻗﺎرچی و ﺑﺎکتریایی پارازیت ﺿﻌﯿﻒ روی گیاهچه ﻓﻌﺎﻟﯿﺖ ﻧﻤﻮده و ﺑﺎﻋﺚ ﺳﻮﺧﺘگی گیاهچه میﺷﻮﻧﺪ. ﻋﺎﻣﻞﺑﯿﻤﺎریﻫﺎی پوﺳﯿﺪگی ﻃﻮﻗﻪ، پوﺳﯿﺪگی ﺳﺎﻗﻪ، ﺳﻮﺧﺘگی ﻏﻼفﺑﺮگ ﻧﯿﺰ ﺟﺰء ﺑﯿﻤﺎریﻫﺎی خاکزاد ﺑﻮده و درﺧﺰاﻧﻪﻫﺎ ﺑﺎﻋﺚ ﻣﺮگ و ﻣﯿﺮ گیاهچه ها میﺷﻮﻧﺪ.
بهترین استراتژی برای مدیریت بیماری های محتمل برای برنج در مزرعه اول از همه استفاده از بذور سالم و عاری از آلودگی است.
در عموم غلات بویژه گندم جو دو بیماری قارچی مهم سیاهک آشکار و سیاهک پنهان وجود دارد که بسیار رایج است و موجب کاهش عملکرد جدی در این محصولات می شود. که توسط ضدعفونی بذور آن ها با قارچ کش کاربوکسن تیرام تا حدود زیادی کنترل می گردد.
اما ضد عفونی بذر برنج با قارچ کش کاربوکسین تیرام به نسبت دو در هزار (WP) برای کنترل لکه قهوه ای و پوسیدگی ریشه و طوقه برنج صورت می گیرد. بذرها را باید به مدت ۲۴ ساعت در محلول سمی خیسانده و سپس برای جوانه زنی در گرم خانه نگه داری نمود.
برای تهیه محلول نمک ۱۵%، یک و نیم کیلوگرم نمک را در ده لیتر آب حل نمایید به صورتیکه یک تخم مرغ تازه روی سطح آب شناور بماند.
عمل سبک سنگین نمودن بذر های برنج برای کشاورزانی که از محصول سال قبل خود بعنوان بذر های سال جدید استفاده می کنند واجب و ضروری است. اما کشاورزانی که بذر های خود را هر ساله از مراکز خدمات کشاورزی دریافت می کنند شاید خیلی ضروری نباشد (بهتر است انجام شود) چون این بذور زیر نظر سازمان های مربوطه و تحت شرایط ویژه تولید و در اختیار کشاورزان قرار می گیرد.
تقریبا برای هر هکتار شالیزار ۶۰ کیلو گرم بذر برنج احتیاج است و برای هر کیلو بذر ۱.۵ لیتر آب نیاز است تا بذور برنج در آن غوطه ور شود (خیسانده) شود.
نحوه ضد عفونی بذور برنج با ضدعفونی گندم و جو متفاوت است. بعنوان مثال برای ۱۰۰ کیلو گرم بذر برنج ابتدا ۱۵۰ لیتر آب تمیز و نیمه گرم آماده می نمایید و بذور را به مدت ۲۴ ساعت در این آب قرار می دهید.سپس بذور را از آب خارج نموده و در مرتبه دوم محلول حاوی ۱۵۰ لیتر آب به همراه ۳۰۰ گرم قارچ کاربوکسین تیرام آماده نمایید و بذور را در این محلول نیز به مدت ۲۴ ساعت قرار دهید ( در وزن ها کمتر به همین میزان تناسب گرفته شود).
از قارچ کش تیوفانات متیل به میزان ۳ کیلو در هزار لیتر آب نیز می توان استفاده نمود. به عنوان مثال جهت ضدعفونی بذر برنج برای تهیه محلول ۳ در هزار از قارچ کش تیوفانات متیل تیرام ، ۴۵۰ گرم از این قارچ کش را در ۱۵۰ لیتر آب برای ۱۰۰ کیلوگرم بذر استفاده نمایید. بذور در این محلول قارچ کش به مدت ۲۴ ساعت نگهداری شوند و در مدت خیساندن بذر در قارچکش ، دو بار خوب بهم زده می شوند.
در مدت خیساندن بذور در محلول قارچکش حداقل دو مرتبه بایستی محلول هم زده شود تا از رسوب محلول جلوگیری شود و و همچنین تمام سطوح بذور خوب به این محلول آغشته شوند.
بعد از طی در مجموع ۴۸ ساعت خیساندن، بذور را از محلول خارج می نمایید در آبکش میریزید تا آب و رطوبت اولیه آن از بین برود. سپس آن ها را به محیط گرم تر منتقل می کنید تا فرایند جوانه زنی بذور تسریع گردد. در محیط جدید روی بذر ها پوششی قرار می دهید و روی آن پوشش که عموما از جنس پارچه است آبدهی می کنید تا رطوبت بذور کاملا از بین نرود. با مشاهده نخستین جوانه های روی بذور، اقدام به کاشتن (پخش نمودن) آن ها در خزانه و یا در سینی نشا می نمایید.
بذور برنج به صورت بذر مال با قارچ کش نوردوکس نیز ضدعفونی می شوند. بدین صورت که بعد از اینکه بذر ها ۲۴ ساعت در آب نیمه گرم قرار گرفتند. آن ها را از آب خارج کنید و در آبکش قرار دهید به صورتیکه بذور فاقد هرگونه آب اضافی باشند. سپس نسبت ۱۳۰ گرم نوردوکس را برای ۱۰۰ کیلو گرم بذر در نظر بگیرید و کاملا بذر ها را با این قارچ کش مخلوط کنید و به هم بزنید. بایستی خوب عمل پخش انجام شود. همچنین می توان قارچ کش نوردوکس را در نمکدان ریخت و روی بذر ها بخش نمود و بذر ها را کاملا زیر و رو کرد تا عمل ضدعفونی به صورت کامل و یکنواخت صورت پذیرد و سپس به گرمخانه منتقل نمود.